神经康复中心是北京儿童医院的重点科室之一，包括有神经内科专业、康复和针灸专业、精神和心理专业以及神经电生理中心等，担负着医院的医疗、教学、科研、保健四大任务，是医院的特色科室。中心的前身是神经内科与康复中心，神经内科在享誉全国儿科知名专家叶其芬、吴沪生等教授40余年的不断努力下，医疗水平不断提高，使小儿神经专业在全国小儿神经专业领域处于领先地位。
　　神经康复中心于2001年11月成立，中心成立后不但继承了原有的优良传统，而且充分开展了各专业之间的合作与交流，使小儿神经疾病的诊断治疗以及功能康复一体化，治疗手段多元化，神经疾病患儿社会化。在原中心主任邹丽萍教授的领导下，在院领导的大力支持下，硬件设施发展快，购买了9台最先进的视频、10台动态脑电图仪和肌电图诱发电位仪，使小儿神经电生理检查水平大幅度的提高，利用医院的现代化设备MRI,对癫痫病灶定位有了进一步提高，尤其是视频监测脑电图，能明确鉴别痫样发作和非痫样发作，使非痫样发作的患儿和家属摆脱了疾病的困扰。另一方面，重视人才培养，科室目前共有医护技人员97人，其中博士后1人，博士3人，硕士14人，主任医师5人，副主任医师7人，主治医师11人，住院医师4人，护士42人。
　　神经康复中心的成立，吸引了较多的脑瘫患者，短短两年多的时间，较多脑瘫患儿的症状得到了明显的改善，治愈了部分脑瘫，使他们重归社会，也使较多神经科恢复期的患者得到了更科学的治疗，减少了残疾，为家庭和社会减轻了负担。2003年温家宝总理参观了我中心的康复训练室，受到总理的好评。2004年1月，心理专业正式并入，使社心理-精神-神经疾病的模式进一步完善，使神经康复中心更专业化、知识化、全面化、人性化。
　　由于我们中心亚专业较多，拥有大量的病人来源，在进行药物临床试验方面有着得天独厚的优势，其中以神经内科病人最多，每日神经门诊量约为200人次，仍不能满足患者的需要。在癫痫、中枢神经系统感染、神经免疫性疾病、脑血管病、神经变性病及遗传病等疾病的诊断和治疗在国内处领先水平，神经内科疾病复杂，较多疾病治疗困难，在新药的研制和治疗方面上有着广阔的发展空间。现有神经、康复两个病房，共有74张床位，两个病房具有医院最先进的诊疗设备，并具备完善的急救条件用以处理不良事件。两病房月均入院人数220-260人，另设有神经、康复、精神、心理专家专业及神经特需门诊，科门诊月均就诊人数约5000人次。
　　神经内科专业汇集了诸多经验丰富的专家、教授，同时这里也同样汇集着一批年富力强，积极肯干的中青年骨干力量。医院为科室发展先后派出科室骨干赴瑞典，澳洲，意大利，美国等学习先进医学技术，因此，这是一个踏实稳重又充满生机的战斗集体。应该说神经内科专业所接收的病种之全，患者之多，难度之大是全国乃至世界为数不多的医疗机构之一，通过多年的不断探索，我们不仅在小儿神经系统常见疾病如癫痫、中枢神经系统感染、脊髓病变、神经肌肉病、脑血管病和遗传代谢病等方面积累了较多的成熟的独到的临床经验，而且对于一些罕见病、疑难杂症，难治性癫痫以及免疫相关疾病等亦有长足的进展，并取得了满意的效果。其中值得一提的是，我科十数年来急性感染性多发性神经根炎的病死率为零，居世界领先水平。自1994年来本科室与外科和病理科协作开展了神经肌肉活检，解决了许多疑难的神经肌肉病的诊断问题，近年来开展了遗传基因的检查，使不少患者得到了准确的分子水平诊断。另外，我们还拥有相当数量的先进的辅助检查设备，如16导脑电图，视频监测及长程动态监测脑电图，肌电图，诱发电位，智力测查，脑功能等，为临床工作提供了诊断依据和治疗手段。
　　神经康复专业的医治对象具有特殊性，因此，神经康复专业创建伊始，我们就提倡家长与训练师双方互动，共同参与。这里的患儿有着不同程度的残障，我们的宗旨就是尽可能把患儿的病残程度降到最低，通过生物反馈治疗、肌兴奋治疗、针灸、中医按摩、蜡疗、理疗、水疗、作业疗法（OT）、物理疗法（PT）等，通过各种康复训练，使他们最大程度的回归社会。目前，我们的康复训练包括感觉统合训练、特别适合于不同患者的不同特点，对小儿脑瘫、臂丛神经损伤以及各种肢体障碍疗效满意。
　　我院心理门诊成立于1999年9月，是我院特色专业门诊之一。门诊位于新门诊大楼8层南侧，环境幽雅、安静、舒适，具有独立诊室5间。针对儿童青少年心理行为问题开展心理咨询、心理治疗和心理测量, 可进行人格、智力、情绪、行为等多项心理健康水平的测验和评估。能开展个别治疗、团体治疗及家庭治疗。从业人员均有医学背景，受过心理学及心理咨询、治疗的相关训练，具有中科院心理所颁发的心理测量合格证。目前门诊引进了先进的CES(脑导入微量生物电流技术简称)治疗，该项治疗填补了国内儿童心理治疗领域的空白。对各种情绪障碍，多动症，学习困难等治疗，具有明显的疗效。
　　目前我中心共有副教授2人，首都医科大学硕士生培养点1个，现有硕士研究生7人。每年接收进修医师数十名，并负责首都医科大学儿科系及北京护士学校的临床教学与实习任务。除此之外，我们还承担着国家级继续教育项目小儿神经系统疾病学习班，每年举办小儿神经系统疾病学习班，在全国范围内培养小儿神经专科医师，普及神经系统的知识和新进展。
　　科研工作是科室成熟的标志。迄今为止，我们完成了各种科研课题数十项，曾获卫生部成果二等奖，中华医学成果一等奖，北京市科研成果三等奖。在致力于国内研究的同时，我们还积极开展国际合作，其中部分已经完成。
　　由于来我科就诊的病人较多，需求量大，为方便反复复诊病人，根据医院要求，我科实行多种途径预约挂号就诊方式，100%号源全部实行预约挂号，包括电话预约、网络预约、预约中心窗口预约以及出院病人、门诊复诊病人的医师工作站预约，就诊病人可以通过上述途径预约挂号，同时，针对部分外地就诊病人对预约挂号方式不熟悉，不能够长时间等待的问题，我科充分调动科室人员的积极性克服困难急病人之所急加号以满足病人需求。辅助科室在病人集中的寒暑假期间通过加班以解决等待检查时间长等问题。